2005

После победы на Открытом чемпионате Австралии 2005 года Сафин заявил, что своим удачным выступлением он обязан присутствию своего нового тренера Петера Лундгрена: «Я не верил в себя, пока не начал работать с Петером». До 2003 года Лундгрен был тренером Роджера Федерера. Марат сотрудничал с Лундгреном в течение всего следующего года. Все предположения, что Сафин, наконец-то, начнет играть стабильно, не подтвердились, так как он проигрывал на ранних стадиях семи турниров, которые проходили с февраля по июнь. В июне 2005 после неудачи на Открытом чемпионате Франции теннисист выступает на травяном турнире в Галле (Германия), где внезапно доходит до финала, в котором проигрывает швейцарцу Федереру.

2006

Хотя серьезная травма колена воспрепятствовала продвижению Марата в рейтинге ATP (он пропустил Открытый Чемпионат США 2005 и Открытый Чемпионат Австралии 2006), россиянин участвовал в турнирах сери Мастерс в Индиан-Уэллс, Майами, Монте-Карло, Риме и Гамбурге.

17 августа 2006 года, после разочаровывающего сезона, в течение которого Сафин опустился до 104 места в рейтинге, он расстался со своим тренером, Питером Лунгреном. В сентябре 2006 на Открытом Чемпионате США Марат Сафин взял прекрасный старт, выиграв во втором круге у четвертого сеяного Давида Налбандяна в 5-сетовом матче. Как бы то ни было, этот взлет тоже долго не продлился: в четвертом круге Сафин проиграл бывшей второй ракетке мира Томми Хаасу.

В сентябре российская сборная одержала победу над сборной США со счетом 3-2 и забронировала себе место в финале, который должен был пройти в декабре. Сафин также отлично выступил на турнире в Таиланде, остановить россиянина смог только американец седьмой сеяный Джеймс Блейк.

14 октября 2006 Сафин дошел до финальной стадии Кубка Кремля в Москве, в котором проиграл первой ракетке России Николаю Давыденко.

В декабре 2006 состоялась финальная встреча Кубка Дэвиса, в которой встречались команды России и Аргентины. 3 декабря Сафин одержал верх над аргентинцем Хосе Акасусо в решающем матче со счетом 6-3, 3-6, 6-3, 7-6 и принес сборной России звание победителей в неофициальном чемпионате Мира. Стоит заметить, что в первый день Марат проиграл матч Давиду Налбандяну (6-4, 6-4, 6-4), а в паре с Дмитрием Турсуновым сломил объединенное сопротивление Августина Кальери и Давида Налбандяна.

2007

Марат Сафин участвовал в «разминочных» турнирах в январе перед Australian Open. Так как в 2006 теннисист был вынужден пропустить этот турнир из-за травмы, то Australian Open 2007 стал первым чемпионатом для Сафина с тех пор, как он завоевал титул в 2005. Марат добрался до третьего круга, где встретился с американцем Энди Роддиком. Сафин проиграл в невероятном по напряжённости матче, который длился три часа: 6:7, 6:2, 4:6, 6:7. В феврале Марат Сафин принимал участие в Кубке Дэвиса в составе сборной России, которая выиграла матч против команды Чили в Москве (3:2). В апреле Марат выиграл решающий поединок за сборную в матче против Франции, победив Поля Анри-Матьё со счётом 7:6(3), 6:3, 6:2.